नीम के पेड़ का औषधीय गुणों से भरपूर होने के साथ ही धार्मिक महत्व भी है। देवी और शक्ति की उपासना में नीम का अहम स्थान है। माँ शीतला और माँ काली की पूजा में नीम का प्रयोग किया जाता है। ज्योतिष में नीम का सम्बन्ध शनि और केतु से जोड़ा गया है। शनि की शांति करने के लिए नीम की लकड़ी पर हवन करना सबसे फलदायी होता है। वहीं नीम के पत्तों वाले जल से स्नान करने पर केतु की समस्याएँ दूर होती हैं।

नीम की लकड़ी पर बने हुए यन्त्र अत्यंत प्रभावशाली माने जाते हैं।